Dacă ar fi să vorbim despre dezavantajele sterilizării, putem spune că acestea sunt infime, comparativ cu avantajele.
Totuși, nu le putem numi dezavantaje în adevăratul sens al cuvântului, ci urmări ale actului medical.
În cazuri rare pot apărea:
- incontinența urinară la femele, de scurtă durată, cu pronostic favorabil;
- alergia la firul de sutură, cu ușor edem local;
- scăderea poftei de mâncare în primele 48 de ore.

Consecințele neaplicării acestui act medical(sterilizarea) sunt devastatoare în rândul animalelor:
- înmulțirea haotică ce duce la supraaglomerarea zonelor urbane și rurale;
- riscul crescut de propagare a infecțiilor virale;
- creșterea numărului de animale abandonate pe străzi și implicit a suferinței acestora.